隨著陸軍部的組建,段永清的工作地點(diǎn)也從天津調(diào)至了北京,“如愿以償”地進(jìn)入了陸軍部的核心部門。軍令司是司令機(jī)關(guān),任何對(duì)于清軍(主要是新軍)的調(diào)動(dòng)、演習(xí)、作戰(zhàn)等任務(wù)都由軍令司發(fā)布。相比于主管人事的軍政司,軍令司是段永清更為理想的工作地點(diǎn)。